Az egyetemet Nagy Lajos király alapította 1367-ben. Ez a tradíciónk persze inkább csak virtuális, hiszen a történelem viharai miatt az egyetem hosszú ideig nem működött. A XVIII. század végétől folyik Pécsett újra felsőoktatás, de igazi egyetemi képzés a pozsonyi egyetem 1923-as Pécsre helyezésével indul újra. A két háború között a pécsi egyetem nemzetközi hírű professzorokkal büszkélkedhetett - Kerényi Károly, Thienemann Tivadar, Halasy Nagy József és mások.

Az 1367-ben alapított és Zrínyi Miklós téli hadjárata idején, 1664-ben lerombolt középkori egyetem feltárása 1985-ben kezdődött. A G. Sándor Mária és Gerő Győző vezette ásatások során sikerült meghatározni a székesegyházhoz közeli 35 méter hosszú és 10 méter széles épület alaprajzát, miután ráleltek a nagyteremre, az aula magnára, az attól keletre és nyugatra fekvő egy-egy helyiségre, továbbá az északi oldali folyosóra.

A kutatók román kori falmaradványokat, oszlop- és szobortöredékeket, valamint egyebek mellett gótikus és reneszánsz emlékeket, faragványokat találtak, az Aranyos Mária-kápolnában pedig felfedezték az intézmény fenntartójának, Koppenbachi Vilmos pécsi püspöknek a síremlékét. Bár a feltárást követően hozzáláttak az épület helyreállításához is, a munkálatok befejezéséhez szükséges forrást a nemzeti vagyonkezelőnek 2011-ben sikerült biztosítania.

Az épület egy nagyteremből és kisebb termekből áll. Az egykori egyetemi tantermek fölé védőépületet emeltek, amely egyben az ország első egyetemét bemutató kiállításnak is helyszínt biztosít. A kiállítás 2014. március 21-étől látogatható.